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発生している場所や、程度によって多少異なりますが、共通した主な症状は月経痛です。子宮内膜症の70%に月経困難症がみられますが、月経時以外にも下腹部の痛みや腰痛があったり、セックス時に痛みを伴うことがあります。症状が進むにつれて痛みは激しくなっていき、ときには肛門のほうまで広がっていく場合もあります。また、不正出血のほか、過多月経とそれに伴う貧血、下痢、便秘、排便痛、頻尿、むくみといった症状も現れることもあります。チョコレートのう腫の場合は、相当大きくなるまでこうした症状がみられないこともありますが、のう腫が破裂して急激な腹痛に襲われることがあります。また、腸との癒着がひどくなると、腸閉塞を起こすことがあります。
月経でないときも下腹部痛があるのは、癒着が原因。癒着は、飛び火した子宮内膜が剥がれ落ちてできる傷を治すための体の自己防衛なのですが、癒着すると、あちこちに異常なひきつれができ、強くつねられたような痛みが走ることがあります。月経時は月経痛をひきつれが重なるため、よけい痛みが強まるわけです。卵巣にチョコレートのう胞がある場合も癒着が起こりやすく、下腹、腰、背中、大腿部などが痛みます。