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子宮内膜症には発症する場所によって、内性子宮内膜症と外性子宮内膜症に分けられます。内性子宮内膜症は子宮内膜組織が子宮筋層内部に発生して増殖するもの。子宮腺筋症とも呼ばれ、次第に筋腫のようなコブのようになる。子宮筋腫の症状とよく似ており、子宮筋腫を合併していることも多くあります。
外性子宮内膜症とは、卵管、卵巣、骨盤腔、直腸など、子宮外の臓器に子宮内膜組織が発生するもの。ほかにも、まれに膣、外陰部、膀胱、ときにはろく膜で発症することすらあります。
特に多いのが卵巣で発生するもので、行き場を失った血液が次第に卵巣内にたまっていき、卵巣のう腫を形成します。内部にたまった血液の色から、これをチョコレートのう腫と呼びますが、卵管、子宮、直腸、結腸などの周囲の臓器と癒着を起こしやすい傾向があります。また、卵管に子宮内膜が増殖すると、不妊や子宮外妊娠の原因になることがあります。